Von einer Kreuzallergie (Kreuzreaktion) wird dann gesprochen, wenn IgE-Antikörper, die gegen ein bestimmtes Allergen in einer bestimmten Allergenquelle gerichtet sind, auch andere Allergene in anderen Allergenquellen erkennen können und somit auch bei Kontakt mit diesen anderen Allergenquellen eine allergische Reaktion auslösen können.
Die bei Allergikern gebildeten IgE-Antikörper erkennen bestimmte Epitope (Motive) auf den Allergenen einer Allergenquelle. Kommt in einer anderen Materie ein Molekül vor, das ähnliche Epitope aufweist, so kann es sein, dass die IgE-Antikörper auch an diese ähnlichen Epitope binden können und ebenfalls eine allergische Reaktion auslösen. Ein Beispiel ist das oral allergy syndrome (OAS) bei Birkenallergikern. Hier können IgE-Antikörper, die gegen das Hauptallergen im Birkenpollen, Bet v 1, gerichtet sind, ein ähnliches Protein im Apfel, Mal d 1, erkennen. Das führt dazu, dass Birkenpollenallergiker beim Verzehr von Äpfeln allergische Symptome, wie Anschwellen, Rötung und Juckreiz der Mundschleimhaut, erfahren können, obwohl sich ihre ursprüngliche überschießende Immunantwort nicht gegen das Apfel-Antigen richtet, sondern gegen das Hauptallergen Bet v 1 in Birkenpollen.
Der Allergengehalt von Lebensmitteln kann, da es sich um biologische Produkte handelt, stark schwanken. Er hängt unter anderem vom Reifegrad, der Sorte, der Region und der Zubereitungsart ab. Immunologisch betrachtet nimmt die Kreuzreaktivität mit der Ähnlichkeit und Anzahl der reagierenden Epitope zu. Wie bei allen Leistungen des Immunsystems spielt auch die momentane körperliche und psychische Verfassung eine Rolle für die Intensität der Kreuzallergie.